Siguiendo el plan para extender la oferta educativa a nivel superior en Chiapas, y atender las necesidades de la región selva norte y selva, en agosto del 2012 la Universidad Intercultural de Chiapas, inicia funciones en las instalaciones del CECYT 16 en el municipio de Salto de Agua. Convirtiéndose así en la primera Universidad en la región.
Desde el inicio esta sede ofrece dos licenciaturas que son Desarrollo Sustentable y Turismo Alternativo. La población estudiantil se compone principalmente de hablantes de la lengua ch´ol.
En conjunto con el movimiento ciudadano y el comité de Educación Superior en 2013 se logran obtener la donación de 10 hectáreas de terreno a la UNICH para la construcción de la Unidad Multidisciplinaria.
En diciembre de 2013 el INIFECH aprueba la construcción de dos edificios el cual cuenta con oficinas para la coordinación académica y administrativa, donde actualmente se realizan las actividades académicas y administrativas.
