El programa de Maestría en Estudios Interculturales tiene 3 líneas de especialización:

Lengua y Cosmovisión. Reflexiona las representaciones de la realidad comunitaria mediante la urdimbre lingüística para explorar los modos de pensamientos y visiones del mundo de los distintos pueblos y sociedades multiculturales; además fija su atención en los conocimientos, saberes y prácticas desde hablar, pensar y actuar; asimismo, analiza las relaciones interculturales desde el enfoque multi, inter y transdisciplinario que giran en torno a las culturas, lenguas y cosmovisiones de los pueblos contemporáneos.

Diversidad cultural e interculturalidad. Ante la crisis del modelo civilizatorio hegemónico interesa profundizar en el estudio de los procesos de globalización, hegemonía cultural, multiculturalidad, conflictos culturales, interacciones y la comprensión de manifestaciones y dinámicas de vida sociocultural y política. Privilegia los abordajes inter y transdisciplinarios que permitan explicar y atender la complejidad de los procesos culturales en América Latina, México y Chiapas desde otras formas de producción de conocimientos.

Territorio y patrimonio biocultural. Tiene como finalidad contribuir a la formación de investigadores de alto nivel para realizar investigaciones en la comprensión y explicación de la complejidad territorial y cultural en Mesoamérica. El enfoque que guiará la formación se centrará en aspectos interdisciplinarios y transdisciplinarios que permitan una mirada holística en la diversidad cultural, lingüística, ambiental y en los procesos sociohistóricos en contexto territorial local, regional y nacional para el diálogo intercultural.